En las fábricas de producción de harinas el grano se encuentra almacenado en silos que lo mantienen en unas condiciones óptimas de limpieza y temperatura. Desde estos depósitos, los cereales se transportan mediante cangilones, tuberías o transportadores de cadena a las máquinas encargadas de la limpieza y la separación de las impurezas tales como otras semillas, tierra, piedras o paja. Las máquinas encargadas de esta función son muy variadas ya que pueden ser aspiradoras, cribas horizontales, deschinadoras, separadores centrífugos o magnéticos o cepilladoras entre otras y de su efectividad depende mucho la calidad de la harina obtenida.
El siguiente paso es el acondicionado del grano que consiste en añadir la cantidad de agua y humedad necesaria para facilitar la molienda que será diferente dependiendo de cada tipo de grano.
Tras una segunda limpieza, el grano pasa a ser molido mediante distintos procesos como triturado, raspado, o compresión producidos por los cilindros de diferentes tipos de molinos.
Una vez obtenida la harina y separada del salvado (excepto en harinas integrales) se somete a diferentes tratamientos, como puede ser su blanqueamiento, y puede almacenarse para proceder a su maduración como sucede en el caso de la harina destinada a panificación, antes de ser envasada y transportada a su destino.